Theo ý kiến của các trường, hiện nay có nhiều khó khăn trong việc xây dựng quy chế chi tiêu: Cơ chế chính sách vận dụng trong ngành GD-ĐT còn nhiều bất cập, nhiều quy định đã hơn 25 năm nay chưa được sửa đổi như vấn đề giờ giảng nghĩa vụ, quản lý các trung tâm trực thuộc… vì thực tiễn đã đi trước chính sách rất nhiều! Có lẽ nhận thấy những bất cập này mà Chính phủ đã ban hành các nghị định, quy định mới. Tuy nhiên, khâu triển khai và thực hiện còn chưa “thông” lắm. Mức lương tối thiểu Nhà nước yêu cầu tăng lên 290.000 đồng nhưng thực tế thì không đến mức đó vì thế các trường phải bù vào 40% học phí để thực hiện tăng lương. Điều này đồng nghĩa với việc giảm tính tự chủ của các trường. Các trường cũng đang thấp thỏm, hồi hộp chờ Chính phủ sớm ban hành khung học phí mới sao cho phù hợp.

Chưa nói đến khối các trường nông lâm ngư nghiệp ngày càng thể hiện những mâu thuẫn: kinh phí thực hành thực tập rất lớn, đối tượng sinh viên hưởng chế độ chính sách vùng sâu vùng xa… rất nhiều, các em vừa được miễn giảm học phí, vừa được nhận học bổng trợ cấp xã hội, chính sách. Có trường giải quyết chế độ cho sinh viên lên đến 20% kinh phí từ học phí nhưng nếu Nhà nước không có chế độ lại cho khối các trường này thì lấy đâu ra tiền để bù đắp chi phí?

Về chế độ trợ cấp, chính sách xã hội, nên chăng cần giải quyết trực tiếp cho sinh viên, gia đình sinh viên theo hệ thống trung ương - địa phương? Làm như vậy sẽ có những cái lợi sau đây: thuận tiện trong việc quản lý theo khu vực địa lý, hành chính; tránh được nhiều trường hợp giả mạo giấy tờ, chứng thực sao y “giấy tờ ma”; gia đình quản lý được số tiền chính sách và sử dụng đúng mục đích hơn; tránh được sự quá tải và bất cập cho các trường; các trường chủ động được đầu vào. Nên chăng Chính phủ cần quy định khung học phí (mức trần và sàn) rộng một chút bởi 2 lý do: Các trường tùy nghi vận dụng theo điều kiện cụ thể. Hơn nữa đã gọi là chính sách, chế độ thì thời gian thực hiện phải dài hạn, đừng để tình trạng vừa mới ra văn bản chưa kịp triển khai đã thấy… lỗi thời. Ngoài ra, việc quy định về giờ giảng nghĩa vụ cũng đã đến lúc cần phải xem xét lại. Quyết định số 1712/QĐ-BĐH ngày 18.12.1978 của Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp quy định giờ giảng nghĩa vụ của giáo sư là 290 tiết, phó giáo sư: 270 tiết, giảng viên: 260 tiết, trợ giảng: 200 tiết. Quyết định này sau 25 năm với biết bao đổi thay của thực tiễn, đến nay ít trường nào còn áp dụng. Tính tự chủ và tự chịu trách nhiệm ở đâu khi mà hiệu trưởng một trường ĐH, giám đốc ĐH quốc gia, ĐH vùng cùng với hội đồng khoa học và đào tạo đưa ra những quyết định hết sức hợp lý hợp tình: rút ngắn giờ nghĩa vụ cho giảng viên trẻ để họ có thể tạm yên tâm cống hiến thì lại không hợp pháp!?